Principi di base della selezione del peptide antigene

Per ottenere i migliori risultati nella produzione di anticorpi, è necessario progettare attentamente il peptide antigene.
La progettazione dovrebbe soddisfare una condizione di base: durante il processo di immunizzazione, l'antigene non produrrà una risposta immunitaria eccessiva, ma allo stesso tempo potrà produrre anticorpi con la capacità di legarsi alla proteina di interesse.
Sebbene la progettazione dell'antigene sia un argomento molto complesso con molti dettagli a cui è necessario prestare attenzione, in base alla nostra esperienza accumulata, esistono diversi principi chiave di progettazione di base che possono essere forniti come riferimento:

Quando si inizia un nuovo progetto di ricerca, è necessario chiarire alcune proprietà fondamentali della proteina di interesse, soprattutto se conoscere la struttura della proteina sarà di grande aiuto nella selezione delle regioni di riconoscimento a cui l'anticorpo può facilmente accedere e riconoscere. Tuttavia, in assenza di informazioni strutturali così precise (che è nella maggior parte dei casi), la comprensione dello scopo dello studio influisce sulla strategia di progettazione del peptide. Ad esempio: se la ricerca si concentra su diverse regioni della proteina, ad esempio C terminale o N, o sulla proteina in uno stato specifico, come fosforilazione, ecc., allora il polipeptide progettato secondo la sequenza richiesta e il corrispondente anticorpo generato non dovrebbero avere molte difficoltà di applicazione. Tuttavia, la conformazione della proteina influenzerà l'interazione tra l'anticorpo e la sua regione di riconoscimento. Un possibile problema in questa situazione è che se nella proteina ripiegata la regione di riconoscimento è nascosta all'interno della proteina, l'anticorpo non sarà in grado di accedere a questa regione. (Non è possibile interagire).

In generale, la regione di riconoscimento antigenico più ideale dovrebbe essere idrofila, situata sulla superficie della proteina e strutturalmente deformabile. Perché nella maggior parte degli ambienti naturali, le regioni idrofile tendono a concentrarsi sulla superficie delle proteine, mentre le regioni idrofobiche sono spesso avvolte all'interno della proteina. Per lo stesso motivo, gli anticorpi possono interagire solo con le regioni di riconoscimento presenti sulla superficie delle proteine. Quando queste regioni di riconoscimento hanno una deformabilità strutturale sufficiente per spostarsi in posizioni in cui l'anticorpo può entrare in contatto, avranno un'elevata affinità con l'anticorpo.

Una regione continua si riferisce ad una regione di riconoscimento composta da sequenze amminoacidiche continue. La maggior parte degli anticorpi sono diretti contro le regioni a riconoscimento continuo. La capacità degli anticorpi di legarsi a tali regioni con elevata affinità indica che questa sequenza non è all'interno della proteina. La regione di riconoscimento discontinua rappresenta una sequenza polipeptidica con una certa piega, o la regione di riconoscimento di un anticorpo che collega insieme due polipeptidi separati. In alcuni casi, possono anche essere prodotti anticorpi contro tali regioni di riconoscimento discontinuo, ma il polipeptide antigene utilizzato per l'immunizzazione deve avere una struttura secondaria simile alla regione di riconoscimento discontinuo, e la lunghezza della sequenza deve soddisfare i requisiti rilevanti.

Per evitare il rischio che la regione di riconoscimento venga nascosta all'interno della proteina, solitamente raccomandiamo di scegliere anticorpi corrispondenti N, C prodotti su entrambe le estremità. Perché nelle proteine ​​intatte, N, C Entrambe le estremità sono solitamente esposte sulla superficie della proteina. Tuttavia, è importante notare che le proteine ​​di membrana C L'estremità sono troppo idrofobiche e non sono adatte come antigene.

In generale, raccomandiamo che la lunghezza della sequenza del polipeptide antigene sia compresa tra 8-20 residui aminoacidici. Se è troppo corto, c'è il rischio che il peptide sia troppo speciale e che l'affinità (capacità di legame) tra l'anticorpo prodotto e la proteina naturale non sia abbastanza forte. Allo stesso modo, se la lunghezza della sequenza supera 20, è possibile introdurre strutture secondarie e gli anticorpi prodotti possono perdere specificità. Inoltre, più lunga è la catena peptidica, più difficile è sintetizzarla, rendendo difficile l’ottenimento di prodotti ad elevata purezza.

Principi di base: aggiungere la proteina trasportatrice all'estremità lontana dalla regione di riconoscimento dell'anticorpo, che non è inclusa nella sequenza. Cys Nel caso di estremità N o C più Cys Il metodo preferito per il cross-linking.

MacVecforTM; DAN stellaTM; PC-Gene TM